| 5. Spieltag | 27.08.2016 | Wycombe Wanderers | - | Colchester United | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 08.10.2016 | Colchester United | - | Newport County | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 15.10.2016 | Doncaster Rovers | - | Colchester United | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 22.10.2016 | Colchester United | - | Morecambe FC | 2:2 | ||||
| 15. Spieltag | 29.10.2016 | Plymouth Argyle | - | Colchester United | 2:1 |  |
|||
| 16. Spieltag | 12.11.2016 | Colchester United | - | Leyton Orient | 0:3 | ||||
| 17. Spieltag | 19.11.2016 | Yeovil Town | - | Colchester United | 2:1 | ||||
| 30. Spieltag | 11.02.2017 | Colchester United | - | Barnet FC | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 14.02.2017 | Colchester United | - | Crawley Town | 2:3 | ||||
| 32. Spieltag | 18.02.2017 | Accrington Stanley | - | Colchester United | 2:1 | |
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| 37. Spieltag | 14.03.2017 | Colchester United | - | Mansfield Town | 2:0 | ||||
| 39. Spieltag | 25.03.2017 | Colchester United | - | Luton Town | 2:1 | ||||
| 43. Spieltag | 17.04.2017 | Morecambe FC | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 45. Spieltag | 29.04.2017 | Leyton Orient | - | Colchester United | 1:3 | ||||
| 46. Spieltag | 06.05.2017 | Colchester United | - | Yeovil Town | 2:0 |
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