| 31. Spieltag | 12.04.2014 | FC Augsburg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 |  |
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| 32. Spieltag | 19.04.2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | TSV 1860 Rosenheim | 0:1 |  |
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| 33. Spieltag | 26.04.2014 | SV Heimstetten | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 | ||||
| 36. Spieltag | 10.05.2014 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Schalding-Heining | 3:1 |  |
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| 37. Spieltag | 16.05.2014 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:1 | ||||
| 38. Spieltag | 21.05.2014 | SpVgg Greuther Fürth II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:2 |
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