| 12. Spieltag | 05.10.2012 | Waldhof Mannheim | - | SC Freiburg II | 0:0 | ||||
| 14. Spieltag | 20.10.2012 | SC Freiburg II | - | SV 07 Elversberg | 1:3 | ||||
| 15. Spieltag | 27.10.2012 | Bayern Alzenau | - | SC Freiburg II | 1:3 |  |
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| 16. Spieltag | 03.11.2012 | SC Freiburg II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 24.02.2013 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SC Freiburg II | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 03.03.2013 | SC Freiburg II | - | FC 08 Homburg | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 06.03.2013 | Eintracht Trier | - | SC Freiburg II | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 17.03.2013 | SC Freiburg II | - | FSV Frankfurt II | 3:1 | ||||
| 27. Spieltag | 23.03.2013 | Wormatia Worms | - | SC Freiburg II | 3:2 | ||||
| 32. Spieltag | 21.04.2013 | SC Freiburg II | - | Hessen Kassel | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 27.04.2013 | SV 07 Elversberg | - | SC Freiburg II | 1:1 | ||||
| 35. Spieltag | 11.05.2013 | 1. FC Kaiserslautern II | - | SC Freiburg II | 1:2 | ||||
| 36. Spieltag | 15.05.2013 | SC Freiburg II | - | SG Sonnenhof Großaspach | 3:0 | ||||
| 37. Spieltag | 18.05.2013 | SSV Ulm 1846 | - | SC Freiburg II | 0:3 | ||||
| 38. Spieltag | 25.05.2013 | SC Freiburg II | - | 1899 Hoffenheim II | 4:2 |
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