| 3. Spieltag | 03.10.2012 | FC St. Pauli II | - | SV Wilhelmshaven | 2:3 | ||||
| 11. Spieltag | 13.10.2012 | FC Oberneuland | - | FC St. Pauli II | annull. |  |
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| 13. Spieltag | 24.10.2012 | Victoria Hamburg | - | FC St. Pauli II | 0:0 | |
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| 16. Spieltag | 17.11.2012 | FC St. Pauli II | - | TSV Havelse | 2:1 | ||||
| 20. Spieltag | 03.02.2013 | SV Wilhelmshaven | - | FC St. Pauli II | 4:1 | ||||
| 24. Spieltag | 02.03.2013 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 1:2 | ||||
| 26. Spieltag | 16.04.2013 | FC St. Pauli II | - | Holstein Kiel | 2:4 | ||||
| 30. Spieltag | 20.04.2013 | FC St. Pauli II | - | Victoria Hamburg | 3:1 | ||||
| 22. Spieltag | 23.04.2013 | FC St. Pauli II | - | Werder Bremen II | 2:0 | ||||
| 31. Spieltag | 27.04.2013 | ETSV Weiche Flensburg | - | FC St. Pauli II | 2:1 | ||||
| 32. Spieltag | 04.05.2013 | FC St. Pauli II | - | Hannover 96 II | 4:6 |  |
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| 19. Spieltag | 08.05.2013 | FC St. Pauli II | - | VfB Oldenburg | 2:3 | |
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| 21. Spieltag | 18.05.2013 | FC St. Pauli II | - | Schwarz-Weiß Rehden | 3:5 | ||||
| 34. Spieltag | 25.05.2013 | FC St. Pauli II | - | VfR Neumünster | 4:1 |
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