| 10. Spieltag | 31.08.2012 | SV Heimstetten | - | FC Augsburg II | 1:1 |  |
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| 11. Spieltag | 08.09.2012 | FC Augsburg II | - | TSV 1860 München II | 0:1 |  |
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| 12. Spieltag | 14.09.2012 | SC Eltersdorf | - | FC Augsburg II | 4:1 | ||||
| 16. Spieltag | 07.10.2012 | 1. FC Nürnberg II | - | FC Augsburg II | 2:0 | ||||
| 15. Spieltag | 17.10.2012 | FC Augsburg II | - | TSV 1860 Rosenheim | 5:0 | |
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| 18. Spieltag | 20.10.2012 | VfL Frohnlach | - | FC Augsburg II | 2:2 | ||||
| 19. Spieltag | 27.10.2012 | FC Augsburg II | - | Eintracht Bamberg | 5:2 | ||||
| 20. Spieltag | 02.11.2012 | FC Augsburg II | - | Bayern München II | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 10.11.2012 | FC Ismaning | - | FC Augsburg II | 1:2 | |
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| 22. Spieltag | 17.11.2012 | FC Augsburg II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 3:1 | |
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| 23. Spieltag | 24.11.2012 | FC Augsburg II | - | Viktoria Aschaffenburg | 5:0 | |
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