| 18. Spieltag | 05.02.2000 | BFC Dynamo | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 21. Spieltag | 27.02.2000 | 1. FC Magdeburg | - | TeBe Berlin II | 6:1 |  |
|||
| 23. Spieltag | 11.03.2000 | FSV Zwickau | - | 1. FC Magdeburg | 0:3 | ||||
| 25. Spieltag | 25.03.2000 | Hertha BSC II | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 Wert. | ||||
| 26. Spieltag | 02.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | VfL Halle 96 | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 11.04.2000 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 14.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Sachsen Leipzig | 0:0 | ||||
| 24. Spieltag | 18.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:1 | ||||
| 29. Spieltag | 22.04.2000 | VFC Plauen | - | 1. FC Magdeburg | 0:2 | ||||
| 30. Spieltag | 30.04.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Lok Altmark Stendal | 8:1 | ||||
| 31. Spieltag | 06.05.2000 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Magdeburg | 1:3 |  |
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| 32. Spieltag | 09.05.2000 | 1. FC Magdeburg | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:3 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2000 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Magdeburg | 3:2 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2000 | 1. FC Magdeburg | - | Stahl Eisenhüttenstadt | 4:0 |
Deutschland