| 1. Spieltag | 16.07.2011 | FC St. Pauli | - | FC Ingolstadt 04 | 2:0 | ||||
| 3. Spieltag | 05.08.2011 | FC St. Pauli | - | Alemannia Aachen | 3:1 | ||||
| 4. Spieltag | 12.08.2011 | VfL Bochum | - | FC St. Pauli | 1:2 | ||||
| 5. Spieltag | 22.08.2011 | FC St. Pauli | - | MSV Duisburg | 2:1 | ||||
| 7. Spieltag | 11.09.2011 | FC St. Pauli | - | TSV 1860 München | 4:2 | ||||
| 8. Spieltag | 19.09.2011 | Karlsruher SC | - | FC St. Pauli | 0:2 |  |
|||
| 9. Spieltag | 23.09.2011 | FC St. Pauli | - | Erzgebirge Aue | 2:3 | ||||
| 10. Spieltag | 01.10.2011 | Energie Cottbus | - | FC St. Pauli | 1:4 | ||||
| 11. Spieltag | 17.10.2011 | FC St. Pauli | - | Fortuna Düsseldorf | 1:3 | ||||
| 22. Spieltag | 17.02.2012 | MSV Duisburg | - | FC St. Pauli | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 05.03.2012 | TSV 1860 München | - | FC St. Pauli | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 12.03.2012 | FC St. Pauli | - | Karlsruher SC | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 18.03.2012 | Erzgebirge Aue | - | FC St. Pauli | 2:1 | ||||
| 28. Spieltag | 02.04.2012 | Fortuna Düsseldorf | - | FC St. Pauli | 0:0 | ||||
| 29. Spieltag | 07.04.2012 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 3:3 | ||||
| 32. Spieltag | 22.04.2012 | FC St. Pauli | - | Hansa Rostock | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 06.05.2012 | FC St. Pauli | - | SC Paderborn 07 | 5:0 |
Deutschland