| 5. Spieltag | 08.08.2012 | Bayern München II | - | SC Eltersdorf | 3:0 | ||||
| 6. Spieltag | 11.08.2012 | FC Memmingen | - | Bayern München II | 0:0 | ||||
| 7. Spieltag | 15.08.2012 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 1:0 | ||||
| 8. Spieltag | 18.08.2012 | TSV 1860 Rosenheim | - | Bayern München II | 1:1 |  |
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| 9. Spieltag | 22.08.2012 | Bayern München II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:0 | ||||
| 10. Spieltag | 31.08.2012 | TSV Buchbach | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 23.03.2013 | Bayern München II | - | TSV Buchbach | 3:2 | ||||
| 31. Spieltag | 07.04.2013 | Bayern München II | - | Eintracht Bamberg | 2:0 | |
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| 27. Spieltag | 10.04.2013 | Bayern München II | - | TSV 1860 Rosenheim | 2:3 |  |
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| 37. Spieltag | 18.05.2013 | SV Seligenporten | - | Bayern München II | 0:3 | ||||
| 38. Spieltag | 24.05.2013 | Bayern München II | - | Würzburger Kickers | 6:1 |
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