| 4. Spieltag | 26.07.2013 | SV Schalding-Heining | - | Bayern München II | 0:5 | ||||
| 3. Spieltag | 06.08.2013 | Bayern München II | - | TSV 1860 München II | 2:0 | ||||
| 7. Spieltag | 10.08.2013 | Bayern München II | - | FC Ingolstadt 04 II | 4:1 | ||||
| 11. Spieltag | 31.08.2013 | Bayern München II | - | SpVgg Bayern Hof | 3:2 | ||||
| 12. Spieltag | 03.09.2013 | 1. FC Schweinfurt 05 | - | Bayern München II | 0:4 | ||||
| 14. Spieltag | 13.09.2013 | Bayern München II | - | TSV 1896 Rain | 3:1 | ||||
| 19. Spieltag | 19.10.2013 | TSV 1860 Rosenheim | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 23.10.2013 | TSV Buchbach | - | Bayern München II | 0:3 | ||||
| 20. Spieltag | 27.10.2013 | Bayern München II | - | SV Heimstetten | 5:0 | ||||
| 21. Spieltag | 02.11.2013 | Bayern München II | - | Würzburger Kickers | 4:3 | ||||
| 22. Spieltag | 06.11.2013 | TSV 1860 München II | - | Bayern München II | 2:1 | ||||
| 24. Spieltag | 24.11.2013 | 1. FC Nürnberg II | - | Bayern München II | 1:3 | ||||
| 25. Spieltag | 29.11.2013 | Bayern München II | - | SpVgg Greuther Fürth II | 2:3 | ||||
| 18. Spieltag | 03.12.2013 | Bayern München II | - | FC Augsburg II | 1:3 |  |
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