| 16. Spieltag | 25.11.2016 | SV Wehen Wiesbaden | - | Hansa Rostock | 1:1 | ||||
| 17. Spieltag | 03.12.2016 | Hansa Rostock | - | Holstein Kiel | 1:4 | ||||
| 18. Spieltag | 10.12.2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Hansa Rostock | 1:2 | ||||
| 19. Spieltag | 17.12.2016 | Hansa Rostock | - | Chemnitzer FC | 1:3 | ||||
| 20. Spieltag | 28.01.2017 | Hansa Rostock | - | Jahn Regensburg | 0:0 |  |
|||
| 30. Spieltag | 02.04.2017 | VfL Osnabrück | - | Hansa Rostock | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 05.04.2017 | Hansa Rostock | - | MSV Duisburg | 1:0 | |
|||
| 32. Spieltag | 09.04.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Hansa Rostock | 2:4 | ||||
| 33. Spieltag | 15.04.2017 | Hansa Rostock | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 22.04.2017 | Werder Bremen II | - | Hansa Rostock | 0:2 | ||||
| 35. Spieltag | 29.04.2017 | Hansa Rostock | - | SV Wehen Wiesbaden | 1:3 | ||||
| 36. Spieltag | 06.05.2017 | Holstein Kiel | - | Hansa Rostock | 2:1 | ||||
| 37. Spieltag | 13.05.2017 | Hansa Rostock | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:2 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | Chemnitzer FC | - | Hansa Rostock | 2:0 |
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