| 1. Spieltag | 05.08.2006 | SV Darmstadt 98 | - | SC Pfullendorf | 0:1 |  |
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| 8. Spieltag | 16.09.2006 | SV Wehen-Taunusstein | - | SC Pfullendorf | 3:0 | ||||
| 9. Spieltag | 22.09.2006 | SC Pfullendorf | - | TSV 1860 München II | 1:1 | ||||
| 10. Spieltag | 30.09.2006 | Hessen Kassel | - | SC Pfullendorf | 0:1 | ||||
| 13. Spieltag | 28.10.2006 | SC Pfullendorf | - | VfR Aalen | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 04.11.2006 | Karlsruher SC II | - | SC Pfullendorf | 4:1 |
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