| 30. Spieltag | 26.01.2013 | Colchester United | - | Walsall FC | 2:0 | ||||
| 31. Spieltag | 02.02.2013 | Portsmouth FC | - | Colchester United | 2:3 | ||||
| 25. Spieltag | 05.02.2013 | Colchester United | - | Swindon Town | 0:1 | ||||
| 32. Spieltag | 09.02.2013 | Colchester United | - | Preston North End | 1:0 | ||||
| 33. Spieltag | 16.02.2013 | Sheffield United | - | Colchester United | 3:0 | ||||
| 34. Spieltag | 23.02.2013 | Colchester United | - | Tranmere Rovers | 1:5 | ||||
| 37. Spieltag | 09.03.2013 | Colchester United | - | Crewe Alexandra | 1:2 | ||||
| 39. Spieltag | 16.03.2013 | Bury FC | - | Colchester United | 1:2 | ||||
| 42. Spieltag | 01.04.2013 | Oldham Athletic | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 43. Spieltag | 06.04.2013 | Colchester United | - | Leyton Orient | 2:1 | ||||
| 44. Spieltag | 13.04.2013 | Notts County | - | Colchester United | 3:1 | ||||
| 46. Spieltag | 27.04.2013 | Carlisle United | - | Colchester United | 0:2 |
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