| 5. Spieltag | 27.08.2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | Fortuna Köln | 3:0 | ||||
| 7. Spieltag | 17.09.2016 | Jahn Regensburg | - | Fortuna Köln | 2:2 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Fortuna Köln | 2:3 |  |
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| 11. Spieltag | 16.10.2016 | FSV Frankfurt | - | Fortuna Köln | 6:0 | ||||
| 12. Spieltag | 22.10.2016 | Fortuna Köln | - | VfR Aalen | 0:2 | ||||
| 16. Spieltag | 26.11.2016 | SC Paderborn 07 | - | Fortuna Köln | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 18.02.2017 | Holstein Kiel | - | Fortuna Köln | 5:1 | ||||
| 25. Spieltag | 03.03.2017 | Chemnitzer FC | - | Fortuna Köln | 3:1 | ||||
| 26. Spieltag | 11.03.2017 | Fortuna Köln | - | Jahn Regensburg | 2:2 | ||||
| 27. Spieltag | 15.03.2017 | Hansa Rostock | - | Fortuna Köln | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 04.04.2017 | VfR Aalen | - | Fortuna Köln | 3:0 |
Deutschland