| 1. Spieltag | 25.07.2009 | FC Ingolstadt 04 | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 2. Spieltag | 28.07.2009 | Bayern München II | - | SpVgg Unterhaching | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 06.09.2009 | Bayern München II | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 12.09.2009 | SV Sandhausen | - | Bayern München II | 4:2 | ||||
| 10. Spieltag | 18.09.2009 | Bayern München II | - | Jahn Regensburg | 0:5 | ||||
| 12. Spieltag | 03.10.2009 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayern München II | 2:0 | ||||
| 18. Spieltag | 29.11.2009 | Werder Bremen II | - | Bayern München II | 0:3 | ||||
| 26. Spieltag | 27.02.2010 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 06.03.2010 | SV Wehen Wiesbaden | - | Bayern München II | 1:2 | ||||
| 29. Spieltag | 20.03.2010 | Jahn Regensburg | - | Bayern München II | 1:1 | ||||
| 32. Spieltag | 03.04.2010 | VfL Osnabrück | - | Bayern München II | 4:1 | ||||
| 22. Spieltag | 20.04.2010 | Bayern München II | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 |  |
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| 36. Spieltag | 24.04.2010 | Eintracht Braunschweig | - | Bayern München II | 3:1 | |
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| 28. Spieltag | 27.04.2010 | Bayern München II | - | SV Sandhausen | 2:2 | ||||
| 38. Spieltag | 08.05.2010 | Kickers Offenbach | - | Bayern München II | 4:1 |
Deutschland