| 14. Spieltag | 03.12.2016 | FC Hennef 05 [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:7 |  |
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| 15. Spieltag | 11.12.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Rot-Weiss Essen [B-Junioren] | 2:1 | ||||
| 16. Spieltag | 18.12.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | 1. FC Mönchengladbach [B-Junioren] | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 05.03.2017 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Bayer Leverkusen [B-Junioren] | 1:1 |  |
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| 20. Spieltag | 12.03.2017 | Arminia Bielefeld [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 18.03.2017 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | MSV Duisburg [B-Junioren] | 0:4 | ||||
| 23. Spieltag | 09.04.2017 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Fortuna Düsseldorf [B-Junioren] | 3:2 | ||||
| 24. Spieltag | 15.04.2017 | Viktoria Köln [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 3:3 | ||||
| 25. Spieltag | 21.05.2017 | VfL Bochum [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 2:2 | ||||
| 26. Spieltag | 28.05.2017 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Hombrucher SV [B-Junioren] | 3:1 |
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