1. Spieltag 01.08.2003 SG Wattenscheid 09 - FC St. Pauli 1:1
6. Spieltag 06.09.2003 Holstein Kiel - FC St. Pauli 0:5
7. Spieltag 13.09.2003 FC St. Pauli - Rot-Weiss Essen 1:2
8. Spieltag 20.09.2003 Chemnitzer FC - FC St. Pauli 1:2
9. Spieltag 27.09.2003 FC St. Pauli - SC Paderborn 07 2:0
11. Spieltag 10.10.2003 FC St. Pauli - Borussia Dortmund II 1:1
10. Spieltag 15.10.2003 FC Schalke 04 II - FC St. Pauli 1:2
12. Spieltag 19.10.2003 Sachsen Leipzig - FC St. Pauli 2:1
13. Spieltag 24.10.2003 FC St. Pauli - 1. FC Köln II 4:0
14. Spieltag 02.11.2003 Werder Bremen II - FC St. Pauli 1:0 gelbe Karte
15. Spieltag 07.11.2003 FC St. Pauli - VfR Neumünster 1:1
16. Spieltag 15.11.2003 KFC Uerdingen 05 - FC St. Pauli 2:1 gelbe Karte
17. Spieltag 22.11.2003 FC St. Pauli - Eintracht Braunschweig 1:0 gelbe Karte
18. Spieltag 28.11.2003 FC St. Pauli - SG Wattenscheid 09 2:2
19. Spieltag 06.12.2003 Preußen Münster - FC St. Pauli 2:0
20. Spieltag 28.02.2004 Dynamo Dresden - FC St. Pauli 1:0
21. Spieltag 06.03.2004 FC St. Pauli - Wuppertaler SV 1:2
22. Spieltag 14.03.2004 Hamburger SV II - FC St. Pauli 1:0
23. Spieltag 20.03.2004 FC St. Pauli - Holstein Kiel 1:2
24. Spieltag 27.03.2004 Rot-Weiss Essen - FC St. Pauli 1:0 gelbe Karte
25. Spieltag 02.04.2004 FC St. Pauli - Chemnitzer FC 1:0
27. Spieltag 16.04.2004 FC St. Pauli - FC Schalke 04 II 2:0
28. Spieltag 25.04.2004 Borussia Dortmund II - FC St. Pauli 0:2
29. Spieltag 02.05.2004 FC St. Pauli - Sachsen Leipzig 1:1 gelb-rote Karte
31. Spieltag 15.05.2004 FC St. Pauli - Werder Bremen II 1:0
32. Spieltag 22.05.2004 VfR Neumünster - FC St. Pauli 0:1
33. Spieltag 30.05.2004 FC St. Pauli - KFC Uerdingen 05 1:1
34. Spieltag 05.06.2004 Eintracht Braunschweig - FC St. Pauli 3:2 gelbe Karte
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