| 20. Spieltag | 18.02.2007 | FC St. Pauli II | - | SV Ramlingen/Ehlershausen | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 25.02.2007 | Arminia Hannover | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 22. Spieltag | 04.03.2007 | FC St. Pauli II | - | VfL Wolfsburg II | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 11.03.2007 | VSK Osterholz-Scharmbeck | - | FC St. Pauli II | 0:3 | ||||
| 24. Spieltag | 18.03.2007 | FC St. Pauli II | - | SV Henstedt-Rhen | 3:0 | ||||
| 25. Spieltag | 25.03.2007 | FC St. Pauli II | - | VfR Neumünster | 0:1 | ||||
| 26. Spieltag | 01.04.2007 | Holstein Kiel II | - | FC St. Pauli II | 3:2 | ||||
| 19. Spieltag | 06.04.2007 | FC Oberneuland | - | FC St. Pauli II | 1:1 | ||||
| 27. Spieltag | 09.04.2007 | FC St. Pauli II | - | SV Meppen | 3:0 |  |
|||
| 28. Spieltag | 15.04.2007 | FC St. Pauli II | - | Eintracht Nordhorn | 2:1 | ||||
| 29. Spieltag | 22.04.2007 | VfL Osnabrück II | - | FC St. Pauli II | 1:4 | |
|||
| 30. Spieltag | 29.04.2007 | FC St. Pauli II | - | ASV Bergedorf | 4:1 | ||||
| 31. Spieltag | 06.05.2007 | VfL 93 Hamburg | - | FC St. Pauli II | 1:3 |
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