| 11. Spieltag | 14.10.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | SC Paderborn 07 | 2:3 | ||||
| 18. Spieltag | 10.12.2016 | Preußen Münster | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 17.12.2016 | SC Paderborn 07 | - | VfL Osnabrück | 3:1 |  |
|||
| 20. Spieltag | 28.01.2017 | SC Paderborn 07 | - | MSV Duisburg | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 04.02.2017 | 1. FSV Mainz 05 II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 22. Spieltag | 11.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 18.02.2017 | Werder Bremen II | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 24.02.2017 | SC Paderborn 07 | - | SV Wehen Wiesbaden | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 04.03.2017 | Holstein Kiel | - | SC Paderborn 07 | 2:1 | |
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| 34. Spieltag | 22.04.2017 | SC Paderborn 07 | - | Sportfreunde Lotte | 3:1 | ||||
| 35. Spieltag | 28.04.2017 | Fortuna Köln | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 36. Spieltag | 06.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | FSV Zwickau | 1:1 | ||||
| 37. Spieltag | 13.05.2017 | SC Paderborn 07 | - | Preußen Münster | 1:0 | ||||
| 38. Spieltag | 20.05.2017 | VfL Osnabrück | - | SC Paderborn 07 | 0:0 | |
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