| 23. Spieltag | 24.02.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | Fortuna Düsseldorf | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 10.03.2007 | Dynamo Dresden | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:1 | ||||
| 26. Spieltag | 17.03.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Magdeburg | 2:2 | ||||
| 32. Spieltag | 21.04.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Union Berlin | 1:0 |  |
|||
| 33. Spieltag | 28.04.2007 | SV Wilhelmshaven | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:5 | ||||
| 34. Spieltag | 05.05.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | Bayer Leverkusen II | 3:2 | ||||
| 35. Spieltag | 13.05.2007 | Kickers Emden | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:0 | ||||
| 36. Spieltag | 20.05.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | FC St. Pauli | 0:3 | ||||
| 37. Spieltag | 26.05.2007 | Hamburger SV II | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:0 | ||||
| 38. Spieltag | 02.06.2007 | Rot-Weiß Erfurt | - | Holstein Kiel | 0:1 | |
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