| 2. Spieltag | 12.08.2023 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | 1. FC Union Berlin [B-Junioren] | 0:2 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2023 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | RB Leipzig [B-Junioren] | 0:2 | ||||
| 8. Spieltag | 23.09.2023 | Hannover 96 [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 3:0 | ||||
| 9. Spieltag | 30.09.2023 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Dynamo Dresden [B-Junioren] | 3:0 | ||||
| 10. Spieltag | 07.10.2023 | Werder Bremen [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 9:0 | ||||
| 13. Spieltag | 04.11.2023 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Hamburger SV [B-Junioren] | 4:3 | ||||
| 17. Spieltag | 09.12.2023 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Hertha BSC [B-Junioren] | 1:4 | ||||
| 18. Spieltag | 16.12.2023 | RB Leipzig [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 4:2 | ||||
| 23. Spieltag | 06.04.2024 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Werder Bremen [B-Junioren] | 2:3 |  |
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| 24. Spieltag | 13.04.2024 | Blumenthaler SV [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 4:2 | ||||
| 25. Spieltag | 20.04.2024 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Energie Cottbus [B-Junioren] | 0:7 | ||||
| 26. Spieltag | 27.04.2024 | Hamburger SV [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 3:1 |  |
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