| 17. Spieltag | 04.11.2006 | Boston United | - | Notts County | 3:3 | ||||
| 18. Spieltag | 18.11.2006 | Macclesfield Town | - | Boston United | 2:3 | ||||
| 19. Spieltag | 25.11.2006 | Boston United | - | Hereford United | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 05.12.2006 | Chester City | - | Boston United | 3:1 | ||||
| 21. Spieltag | 09.12.2006 | Boston United | - | Wrexham FC | 4:0 | ||||
| 22. Spieltag | 16.12.2006 | Torquay United | - | Boston United | 0:1 | ||||
| 23. Spieltag | 23.12.2006 | Boston United | - | Walsall FC | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 26.12.2006 | Lincoln City | - | Boston United | 2:1 |  |
|||
| 25. Spieltag | 30.12.2006 | Rochdale AFC | - | Boston United | 4:0 | ||||
| 27. Spieltag | 06.01.2007 | Boston United | - | Accrington Stanley | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 13.01.2007 | Stockport County | - | Boston United | 2:0 | ||||
| 29. Spieltag | 20.01.2007 | Boston United | - | Swindon Town | 1:3 |  |
|||
| 30. Spieltag | 27.01.2007 | Walsall FC | - | Boston United | 1:1 |
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