| 3. Spieltag | 09.08.2016 | Bonner SC | - | SV Rödinghausen | 3:2 | ||||
| 4. Spieltag | 14.08.2016 | Bonner SC | - | Rot Weiss Ahlen | 3:1 | ||||
| 5. Spieltag | 20.08.2016 | Bonner SC | - | SC Verl | 1:0 | ||||
| 6. Spieltag | 26.08.2016 | Alemannia Aachen | - | Bonner SC | 3:2 |  |
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| 8. Spieltag | 10.09.2016 | FC Schalke 04 II | - | Bonner SC | 0:5 | ||||
| 9. Spieltag | 17.09.2016 | Bonner SC | - | 1. FC Köln II | 2:3 | |
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| 7. Spieltag | 20.09.2016 | Bonner SC | - | Borussia Dortmund II | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 24.09.2016 | Sportfreunde Siegen | - | Bonner SC | 2:2 |  |
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| 13. Spieltag | 15.10.2016 | Bonner SC | - | TSG Sprockhövel | 0:2 | ||||
| 14. Spieltag | 22.10.2016 | SC Wiedenbrück | - | Bonner SC | 1:3 | ||||
| 15. Spieltag | 28.10.2016 | Bor. Mönchengladbach II | - | Bonner SC | 1:2 | ||||
| 16. Spieltag | 05.11.2016 | Bonner SC | - | Wuppertaler SV | 3:0 | ||||
| 19. Spieltag | 04.12.2016 | Bonner SC | - | Rot-Weiss Essen | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 10.12.2016 | SV Rödinghausen | - | Bonner SC | 3:2 | ||||
| 26. Spieltag | 13.02.2017 | 1. FC Köln II | - | Bonner SC | 2:0 | ||||
| 22. Spieltag | 25.02.2017 | SC Verl | - | Bonner SC | 0:1 |
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