| 1. Spieltag | 27.07.2024 | SC Paderborn 07 II | - | 1. FC Düren | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 20.09.2024 | Türkspor Dortmund | - | SC Paderborn 07 II | annull. |  |
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| 15. Spieltag | 08.11.2024 | FC Schalke 04 II | - | SC Paderborn 07 II | 0:4 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2024 | 1. FC Bocholt | - | SC Paderborn 07 II | 1:2 | ||||
| 23. Spieltag | 22.02.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Sportfreunde Lotte | 1:3 | ||||
| 25. Spieltag | 09.03.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Türkspor Dortmund | annull. | ||||
| 26. Spieltag | 15.03.2025 | Rot-Weiß Oberhausen | - | SC Paderborn 07 II | 2:0 | ||||
| 27. Spieltag | 22.03.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Eintracht Hohkeppel | 3:0 | ||||
| 28. Spieltag | 04.04.2025 | SC Paderborn 07 II | - | KFC Uerdingen 05 | annull. | ||||
| 29. Spieltag | 13.04.2025 | Fortuna Düsseldorf II | - | SC Paderborn 07 II | 3:1 | ||||
| 30. Spieltag | 19.04.2025 | SC Paderborn 07 II | - | Fortuna Köln | 0:0 | ||||
| 31. Spieltag | 26.04.2025 | SC Wiedenbrück | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 | ||||
| 32. Spieltag | 02.05.2025 | SC Paderborn 07 II | - | FC Schalke 04 II | 2:0 | ||||
| 33. Spieltag | 10.05.2025 | SV Rödinghausen | - | SC Paderborn 07 II | 4:2 | ||||
| 34. Spieltag | 17.05.2025 | SC Paderborn 07 II | - | 1. FC Bocholt | 2:2 |  |
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