| 1. Spieltag | 14.08.2016 | Hammer SpVg | - | FC Gütersloh 2000 | 4:1 |  |
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| 2. Spieltag | 21.08.2016 | FC Gütersloh 2000 | - | FCE Rheine | 0:2 | ||||
| 4. Spieltag | 04.09.2016 | FC Gütersloh 2000 | - | SC Hassel | 2:0 | ||||
| 6. Spieltag | 18.09.2016 | FC Gütersloh 2000 | - | ASC 09 Dortmund | 4:2 | |
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| 7. Spieltag | 25.09.2016 | FC Gütersloh 2000 | - | Arminia Bielefeld II | 4:2 | ||||
| 21. Spieltag | 05.03.2017 | SC Hassel | - | FC Gütersloh 2000 | 1:3 | ||||
| 22. Spieltag | 12.03.2017 | FC Gütersloh 2000 | - | SpVgg Erkenschwick | 4:0 | |
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| 20. Spieltag | 16.03.2017 | FC Gütersloh 2000 | - | TSV Marl-Hüls | 2:2 | ||||
| 29. Spieltag | 23.04.2017 | FC Gütersloh 2000 | - | FC Brünninghausen | 1:1 | ||||
| 31. Spieltag | 05.05.2017 | FC Gütersloh 2000 | - | SC Paderborn 07 II | 3:1 | |
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| 32. Spieltag | 14.05.2017 | SuS Stadtlohn | - | FC Gütersloh 2000 | 1:1 | |
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