| 1. Spieltag | 06.08.2016 | Hartlepool United | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 13.08.2016 | Colchester United | - | Cambridge United | 2:0 | ||||
| 3. Spieltag | 16.08.2016 | Colchester United | - | Grimsby Town | 3:2 | ||||
| 4. Spieltag | 20.08.2016 | Portsmouth FC | - | Colchester United | 2:0 |  |
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| 5. Spieltag | 27.08.2016 | Wycombe Wanderers | - | Colchester United | 0:2 | ||||
| 6. Spieltag | 03.09.2016 | Colchester United | - | Exeter City | 2:3 | |
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| 7. Spieltag | 10.09.2016 | Colchester United | - | Blackpool FC | 3:2 | ||||
| 8. Spieltag | 17.09.2016 | Barnet FC | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 9. Spieltag | 24.09.2016 | Colchester United | - | Accrington Stanley | 1:2 | ||||
| 10. Spieltag | 27.09.2016 | Crawley Town | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 01.10.2016 | Carlisle United | - | Colchester United | 2:0 | ||||
| 12. Spieltag | 08.10.2016 | Colchester United | - | Newport County | 0:0 | ||||
| 41. Spieltag | 08.04.2017 | Colchester United | - | Stevenage FC | 4:0 |
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