| 18. Spieltag | 21.01.2007 | 1. FC Köln | - | FC Augsburg | 1:1 | ||||
| 19. Spieltag | 26.01.2007 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Köln | 1:3 |  |
|||
| 20. Spieltag | 04.02.2007 | 1. FC Köln | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 | ||||
| 21. Spieltag | 09.02.2007 | Eintracht Braunschweig | - | 1. FC Köln | 0:1 | |
|||
| 22. Spieltag | 18.02.2007 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln | 5:0 | |
|||
| 23. Spieltag | 25.02.2007 | 1. FC Köln | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 24. Spieltag | 05.03.2007 | Karlsruher SC | - | 1. FC Köln | 2:1 | |
|||
| 25. Spieltag | 11.03.2007 | 1. FC Köln | - | SpVgg Unterhaching | 4:1 | ||||
| 26. Spieltag | 19.03.2007 | Hansa Rostock | - | 1. FC Köln | 1:1 | |
|||
| 28. Spieltag | 05.04.2007 | Erzgebirge Aue | - | 1. FC Köln | 0:1 | |
|||
| 29. Spieltag | 15.04.2007 | 1. FC Köln | - | SC Freiburg | 0:3 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2007 | 1. FC Köln | - | Kickers Offenbach | 2:2 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2007 | 1. FC Kaiserslautern | - | 1. FC Köln | 2:2 |
Polen