| 21. Spieltag | 24.02.2001 | Wacker Burghausen | - | Sportfreunde Siegen | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 03.03.2001 | TSV 1860 München II | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 23. Spieltag | 10.03.2001 | Wacker Burghausen | - | Karlsruher SC | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 17.03.2001 | SV 07 Elversberg | - | Wacker Burghausen | 1:2 | ||||
| 25. Spieltag | 30.03.2001 | Wacker Burghausen | - | SV Darmstadt 98 | 2:1 |  |
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| 26. Spieltag | 07.04.2001 | Wacker Burghausen | - | SC Pfullendorf | 1:2 | |
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| 27. Spieltag | 12.04.2001 | Jahn Regensburg | - | Wacker Burghausen | 1:1 | ||||
| 28. Spieltag | 21.04.2001 | Wacker Burghausen | - | Eintracht Trier | 0:1 | |
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| 29. Spieltag | 28.04.2001 | Rot-Weiß Erfurt | - | Wacker Burghausen | 0:1 | ||||
| 30. Spieltag | 04.05.2001 | Wacker Burghausen | - | Bayern München II | 3:3 | |
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| 31. Spieltag | 12.05.2001 | VfR Mannheim | - | Wacker Burghausen | 1:1 | |
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| 32. Spieltag | 18.05.2001 | Wacker Burghausen | - | VfB Stuttgart II | 1:1 | ||||
| 33. Spieltag | 23.05.2001 | Kickers Offenbach | - | Wacker Burghausen | 0:0 | |
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| 34. Spieltag | 26.05.2001 | Wacker Burghausen | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 1:1 |
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