| 1. Spieltag | 27.07.2024 | SC Paderborn 07 II | - | 1. FC Düren | 1:1 | ||||
| 2. Spieltag | 03.08.2024 | 1. FC Köln II | - | SC Paderborn 07 II | 5:0 | ||||
| 3. Spieltag | 09.08.2024 | Bor. Mönchengladbach II | - | SC Paderborn 07 II | 2:1 |  |
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| 7. Spieltag | 13.09.2024 | SC Paderborn 07 II | - | FC Gütersloh | 1:2 | ||||
| 8. Spieltag | 20.09.2024 | Türkspor Dortmund | - | SC Paderborn 07 II | annull. |  |
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| 9. Spieltag | 28.09.2024 | SC Paderborn 07 II | - | Rot-Weiß Oberhausen | 3:1 | ||||
| 10. Spieltag | 05.10.2024 | Eintracht Hohkeppel | - | SC Paderborn 07 II | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 12.10.2024 | KFC Uerdingen 05 | - | SC Paderborn 07 II | annull. | ||||
| 13. Spieltag | 26.10.2024 | Fortuna Köln | - | SC Paderborn 07 II | 1:3 | ||||
| 17. Spieltag | 30.11.2024 | 1. FC Bocholt | - | SC Paderborn 07 II | 1:2 |
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