| 1. Spieltag | 27.07.2024 | SSV Jeddeloh II | - | FC St. Pauli II | 1:0 | ||||
| 14. Spieltag | 13.10.2024 | Holstein Kiel II | - | FC St. Pauli II | 0:4 | ||||
| 5. Spieltag | 20.11.2024 | FC Teutonia 05 | - | FC St. Pauli II | 1:4 | ||||
| 19. Spieltag | 14.12.2024 | VfB Lübeck | - | FC St. Pauli II | 2:0 |  |
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| 24. Spieltag | 02.03.2025 | FC St. Pauli II | - | Kickers Emden | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 26.03.2025 | FC St. Pauli II | - | TSV Havelse | 1:0 | |
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| 28. Spieltag | 30.03.2025 | FC St. Pauli II | - | SV Todesfelde | 4:0 |  |
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| 29. Spieltag | 06.04.2025 | SV Meppen | - | FC St. Pauli II | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 12.04.2025 | Hamburger SV II | - | FC St. Pauli II | 4:2 | ||||
| 27. Spieltag | 17.04.2025 | Werder Bremen II | - | FC St. Pauli II | 3:1 | ||||
| 23. Spieltag | 21.04.2025 | 1. FC Phönix Lübeck | - | FC St. Pauli II | 2:0 | ||||
| 32. Spieltag | 03.05.2025 | Weiche Flensburg 08 | - | FC St. Pauli II | 0:1 | ||||
| 33. Spieltag | 11.05.2025 | FC St. Pauli II | - | SV Drochtersen/Assel | 3:4 | ||||
| 34. Spieltag | 18.05.2025 | Bremer SV | - | FC St. Pauli II | 2:0 |
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