| 1. Spieltag | 01.08.2003 | Borussia Dortmund II | - | SC Paderborn 07 | 0:1 | ||||
| 4. Spieltag | 22.08.2003 | SC Paderborn 07 | - | Werder Bremen II | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 30.08.2003 | VfR Neumünster | - | SC Paderborn 07 | 1:3 |  |
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| 13. Spieltag | 24.10.2003 | Holstein Kiel | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 02.11.2003 | SC Paderborn 07 | - | Rot-Weiss Essen | 2:1 | ||||
| 15. Spieltag | 08.11.2003 | Chemnitzer FC | - | SC Paderborn 07 | 1:2 | ||||
| 16. Spieltag | 15.11.2003 | Preußen Münster | - | SC Paderborn 07 | 3:1 | ||||
| 17. Spieltag | 22.11.2003 | SC Paderborn 07 | - | FC Schalke 04 II | 3:1 | |
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| 19. Spieltag | 06.12.2003 | Sachsen Leipzig | - | SC Paderborn 07 | 0:0 | ||||
| 22. Spieltag | 13.03.2004 | SC Paderborn 07 | - | VfR Neumünster | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 30.03.2004 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln II | 2:0 | ||||
| 25. Spieltag | 03.04.2004 | SG Wattenscheid 09 | - | SC Paderborn 07 | 1:1 | ||||
| 26. Spieltag | 12.04.2004 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 2:1 |
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