| 6. Spieltag | 22.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | SV Sandhausen | 3:0 | ||||
| 8. Spieltag | 28.09.2012 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln | 1:2 | ||||
| 9. Spieltag | 05.10.2012 | FSV Frankfurt | - | SC Paderborn 07 | 1:1 |  |
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| 15. Spieltag | 23.11.2012 | SC Paderborn 07 | - | Dynamo Dresden | 2:2 | ||||
| 16. Spieltag | 27.11.2012 | TSV 1860 München | - | SC Paderborn 07 | 1:0 | |
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| 28. Spieltag | 07.04.2013 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 |
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