| 13. Spieltag | 17.10.2009 | Milton Keynes Dons | - | Gillingham FC | 2:0 | ||||
| 14. Spieltag | 24.10.2009 | Gillingham FC | - | Charlton Athletic | 1:1 | ||||
| 15. Spieltag | 30.10.2009 | Southend United | - | Gillingham FC | 1:0 |  |
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| 16. Spieltag | 14.11.2009 | Gillingham FC | - | Oldham Athletic | 1:0 | ||||
| 17. Spieltag | 21.11.2009 | Bristol Rovers | - | Gillingham FC | 2:1 | |
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| 18. Spieltag | 24.11.2009 | Gillingham FC | - | Yeovil Town | 1:0 | ||||
| 19. Spieltag | 01.12.2009 | Leyton Orient | - | Gillingham FC | 3:1 | ||||
| 20. Spieltag | 05.12.2009 | Gillingham FC | - | Carlisle United | 0:0 | ||||
| 21. Spieltag | 12.12.2009 | Huddersfield Town | - | Gillingham FC | 2:1 | |
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| 22. Spieltag | 19.12.2009 | Gillingham FC | - | Stockport County | 3:1 | |
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| 24. Spieltag | 28.12.2009 | Exeter City | - | Gillingham FC | 1:1 |
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