| 1. Spieltag | 31.07.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Fortuna Köln | 0:3 | ||||
| 3. Spieltag | 09.08.2016 | 1. FC Magdeburg | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 4. Spieltag | 13.08.2016 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Magdeburg | 3:2 | ||||
| 5. Spieltag | 26.08.2016 | 1. FC Magdeburg | - | MSV Duisburg | 1:2 | ||||
| 6. Spieltag | 10.09.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 11. Spieltag | 15.10.2016 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Magdeburg | 1:0 | ||||
| 12. Spieltag | 22.10.2016 | 1. FC Magdeburg | - | Chemnitzer FC | 2:4 | ||||
| 18. Spieltag | 10.12.2016 | 1. FC Magdeburg | - | VfR Aalen | 3:0 |  |
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