| 1. Spieltag | 06.08.2011 | Preston North End | - | Colchester United | 2:4 | ||||
| 2. Spieltag | 13.08.2011 | Colchester United | - | Wycombe Wanderers | 1:1 | ||||
| 3. Spieltag | 16.08.2011 | Colchester United | - | Charlton Athletic | 0:2 | ||||
| 4. Spieltag | 20.08.2011 | Huddersfield Town | - | Colchester United | 3:2 | ||||
| 20. Spieltag | 10.12.2011 | Colchester United | - | Bury FC | 4:1 | ||||
| 21. Spieltag | 17.12.2011 | Hartlepool United | - | Colchester United | 0:1 | ||||
| 22. Spieltag | 26.12.2011 | Colchester United | - | Stevenage FC | 1:6 | ||||
| 34. Spieltag | 03.03.2012 | Colchester United | - | Preston North End | 3:0 | ||||
| 40. Spieltag | 31.03.2012 | Exeter City | - | Colchester United | 1:1 |  |
|||
| 41. Spieltag | 06.04.2012 | Colchester United | - | Hartlepool United | 1:1 | ||||
| 42. Spieltag | 09.04.2012 | Bury FC | - | Colchester United | 4:1 | |
|||
| 44. Spieltag | 21.04.2012 | AFC Bournemouth | - | Colchester United | 1:1 | ||||
| 45. Spieltag | 28.04.2012 | Colchester United | - | Tranmere Rovers | 4:2 | ||||
| 46. Spieltag | 05.05.2012 | Notts County | - | Colchester United | 4:1 |
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