| 2. Spieltag | 24.08.2008 | BV Cloppenburg | - | 1. FC Köln II | 1:3 | ||||
| 3. Spieltag | 30.08.2008 | 1. FC Köln II | - | Wormatia Worms | 1:1 |  |
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| 4. Spieltag | 13.09.2008 | Preußen Münster | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 5. Spieltag | 18.09.2008 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiss Essen | 0:2 | |
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| 6. Spieltag | 26.09.2008 | 1. FSV Mainz 05 II | - | 1. FC Köln II | 2:3 |  |
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| 7. Spieltag | 04.10.2008 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Kleve | 2:1 | |
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| 8. Spieltag | 18.10.2008 | Bor. Mönchengladbach II | - | 1. FC Köln II | 0:0 | |
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| 9. Spieltag | 24.10.2008 | 1. FC Köln II | - | Bayer Leverkusen II | 2:0 | |
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| 10. Spieltag | 29.10.2008 | SV 07 Elversberg | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 02.11.2008 | 1. FC Köln II | - | FSV Oggersheim | 4:2 | ||||
| 12. Spieltag | 07.11.2008 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Köln II | 3:1 | ||||
| 13. Spieltag | 15.11.2008 | 1. FC Köln II | - | Sportfreunde Lotte | 0:2 | ||||
| 15. Spieltag | 30.11.2008 | 1. FC Köln II | - | 1. FC Kaiserslautern II | 1:1 | ||||
| 14. Spieltag | 03.12.2008 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 3:3 | |
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| 17. Spieltag | 14.12.2008 | 1. FC Köln II | - | SC Verl | 0:0 | ||||
| 18. Spieltag | 17.12.2008 | Eintracht Trier | - | 1. FC Köln II | 1:1 | |
Deutschland