| 1. Spieltag | 16.08.2008 | SF Troisdorf 05 [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:7 |  |
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| 4. Spieltag | 14.09.2008 | TSC Eintracht Dortmund [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:0 | ||||
| 5. Spieltag | 28.09.2008 | VfL Bochum [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 2:4 | ||||
| 8. Spieltag | 02.11.2008 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Alemannia Aachen [B-Junioren] | 4:0 | ||||
| 9. Spieltag | 09.11.2008 | Arminia Bielefeld [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 16.11.2008 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Wuppertaler SV [B-Junioren] | 2:1 | ||||
| 11. Spieltag | 30.11.2008 | Bayer Leverkusen [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 0:2 | ||||
| 12. Spieltag | 07.12.2008 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | MSV Duisburg [B-Junioren] | 3:0 |
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