| 19. Spieltag | 12.02.2000 | FSV Zwickau | - | BFC Dynamo | 1:1 | ||||
| 21. Spieltag | 27.02.2000 | Hertha BSC II | - | BFC Dynamo | 3:1 | ||||
| 22. Spieltag | 04.03.2000 | BFC Dynamo | - | VfL Halle 96 | 2:0 | ||||
| 24. Spieltag | 18.03.2000 | BFC Dynamo | - | Sachsen Leipzig | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 26.03.2000 | VFC Plauen | - | BFC Dynamo | 2:1 | ||||
| 26. Spieltag | 01.04.2000 | BFC Dynamo | - | Lok Altmark Stendal | 0:3 | ||||
| 27. Spieltag | 11.04.2000 | Erzgebirge Aue | - | BFC Dynamo | 1:0 | ||||
| 28. Spieltag | 15.04.2000 | BFC Dynamo | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 | ||||
| 29. Spieltag | 22.04.2000 | 1. FC Union Berlin | - | BFC Dynamo | 2:1 | ||||
| 31. Spieltag | 05.05.2000 | SV Babelsberg 03 | - | BFC Dynamo | 0:2 | ||||
| 32. Spieltag | 10.05.2000 | BFC Dynamo | - | Dresdner SC | 0:0 |  |
|||
| 33. Spieltag | 13.05.2000 | BFC Dynamo | - | VfB Leipzig | 2:3 |
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