| 1. Spieltag | 17.08.2008 | Rot Weiss Ahlen | - | FSV Frankfurt | 2:1 | ||||
| 9. Spieltag | 24.10.2008 | FSV Frankfurt | - | Hansa Rostock | 0:0 |  |
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| 10. Spieltag | 28.10.2008 | FC Augsburg | - | FSV Frankfurt | 2:2 | |
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| 11. Spieltag | 31.10.2008 | FSV Frankfurt | - | Alemannia Aachen | 0:3 | ||||
| 12. Spieltag | 07.11.2008 | 1. FC Nürnberg | - | FSV Frankfurt | 0:0 | ||||
| 13. Spieltag | 16.11.2008 | FSV Frankfurt | - | SC Freiburg | 1:2 | ||||
| 14. Spieltag | 21.11.2008 | MSV Duisburg | - | FSV Frankfurt | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 06.03.2009 | FSV Frankfurt | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 13.03.2009 | TSV 1860 München | - | FSV Frankfurt | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 20.03.2009 | FSV Frankfurt | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:1 |
Tschechien