| 1. Runde | 10.09.1988 | BSG Rotasym Pößneck | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:4 |  |
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| 2. Runde | 08.10.1988 | BSG Aktivist Brieske-Senftenberg | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:2 n.V. | |
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| Achtelfinale | 29.10.1988 | BSG Lokomotive Stendal | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:2 | ||||
| Viertelfinale | 10.12.1988 | BSG Wismut Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 n.V. |
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