| 9. Spieltag | 17.10.1987 | FC Carl Zeiss Jena | - | BSG Wismut Aue | 0:0 |  |
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| 15. Spieltag | 05.03.1988 | FC Karl-Marx-Stadt | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:1 | ||||
| 16. Spieltag | 12.03.1988 | FC Carl Zeiss Jena | - | FC Vorwärts Frankfurt/Oder | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 15.03.1988 | FC Carl Zeiss Jena | - | HFC Chemie | 0:0 | ||||
| 17. Spieltag | 19.03.1988 | 1. FC Union Berlin | - | FC Carl Zeiss Jena | 2:1 | ||||
| 18. Spieltag | 26.03.1988 | FC Carl Zeiss Jena | - | BSG Stahl Brandenburg | 1:1 | ||||
| 20. Spieltag | 06.04.1988 | BSG Stahl Riesa | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:1 | ||||
| 21. Spieltag | 16.04.1988 | FC Carl Zeiss Jena | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:0 | ||||
| 19. Spieltag | 16.04.1988 | FC Carl Zeiss Jena | - | BFC Dynamo | 2:3 | ||||
| 22. Spieltag | 23.04.1988 | BSG Wismut Aue | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 23. Spieltag | 07.05.1988 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Magdeburg | 2:1 |  |
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| 24. Spieltag | 14.05.1988 | 1. FC Lokomotive Leipzig | - | FC Carl Zeiss Jena | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 21.05.1988 | FC Carl Zeiss Jena | - | Hansa Rostock | 0:1 | ||||
| 26. Spieltag | 28.05.1988 | Dynamo Dresden | - | FC Carl Zeiss Jena | 3:1 | |
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