| 13. Spieltag | 15.10.2016 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln II | 5:2 | ||||
| 14. Spieltag | 22.10.2016 | 1. FC Köln II | - | SV Rödinghausen | 0:3 | ||||
| 3. Spieltag | 19.11.2016 | 1. FC Köln II | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:1 | ||||
| 18. Spieltag | 26.11.2016 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Köln II | 2:1 | ||||
| 19. Spieltag | 03.12.2016 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 2:1 | ||||
| 21. Spieltag | 19.02.2017 | Sportfreunde Siegen | - | 1. FC Köln II | 3:2 |  |
|||
| 23. Spieltag | 04.03.2017 | Rot-Weiß Oberhausen | - | 1. FC Köln II | 3:1 | ||||
| 24. Spieltag | 11.03.2017 | 1. FC Köln II | - | TSG Sprockhövel | 3:0 | ||||
| 25. Spieltag | 18.03.2017 | SC Wiedenbrück | - | 1. FC Köln II | 2:3 | ||||
| 32. Spieltag | 06.05.2017 | 1. FC Köln II | - | Rot Weiss Ahlen | 4:2 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2017 | SC Verl | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 34. Spieltag | 20.05.2017 | 1. FC Köln II | - | Alemannia Aachen | 1:2 |
Deutschland