| 2. Spieltag | 20.08.2006 | 1. FC Köln | - | Wacker Burghausen | 5:1 | ||||
| 3. Spieltag | 25.08.2006 | FC Carl Zeiss Jena | - | 1. FC Köln | 3:2 | ||||
| 6. Spieltag | 29.09.2006 | SC Paderborn 07 | - | 1. FC Köln | 2:0 | ||||
| 7. Spieltag | 16.10.2006 | 1. FC Köln | - | Karlsruher SC | 1:1 | ||||
| 8. Spieltag | 20.10.2006 | SpVgg Unterhaching | - | 1. FC Köln | 0:0 | ||||
| 9. Spieltag | 29.10.2006 | 1. FC Köln | - | Hansa Rostock | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 03.11.2006 | TuS Koblenz | - | 1. FC Köln | 3:1 | ||||
| 11. Spieltag | 08.11.2006 | 1. FC Köln | - | Erzgebirge Aue | 0:1 | ||||
| 18. Spieltag | 21.01.2007 | 1. FC Köln | - | FC Augsburg | 1:1 | ||||
| 25. Spieltag | 11.03.2007 | 1. FC Köln | - | SpVgg Unterhaching | 4:1 |  |
|||
| 26. Spieltag | 19.03.2007 | Hansa Rostock | - | 1. FC Köln | 1:1 | ||||
| 29. Spieltag | 15.04.2007 | 1. FC Köln | - | SC Freiburg | 0:3 | ||||
| 33. Spieltag | 13.05.2007 | 1. FC Köln | - | Kickers Offenbach | 2:2 |
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