| 1. Spieltag | 14.08.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | FC Hennef 05 [B-Junioren] | 4:0 |  |
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| 2. Spieltag | 20.08.2016 | Rot-Weiss Essen [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:0 | ||||
| 9. Spieltag | 23.10.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | FC Schalke 04 [B-Junioren] | 2:2 | ||||
| 10. Spieltag | 30.10.2016 | Fortuna Düsseldorf [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 06.11.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Viktoria Köln [B-Junioren] | 1:1 |  |
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| 12. Spieltag | 12.11.2016 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | VfL Bochum [B-Junioren] | 2:1 | ||||
| 14. Spieltag | 03.12.2016 | FC Hennef 05 [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 1:7 | ||||
| 17. Spieltag | 18.02.2017 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | Bor. Mönchengladbach [B-Junioren] | 2:2 | ||||
| 21. Spieltag | 18.03.2017 | 1. FC Köln [B-Junioren] | - | MSV Duisburg [B-Junioren] | 0:4 | ||||
| 25. Spieltag | 21.05.2017 | VfL Bochum [B-Junioren] | - | 1. FC Köln [B-Junioren] | 2:2 |
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