| 31. Spieltag | 02.02.2013 | Stevenage FC | - | Leyton Orient | 0:1 | ||||
| 32. Spieltag | 09.02.2013 | Leyton Orient | - | Tranmere Rovers | 2:1 | ||||
| 33. Spieltag | 16.02.2013 | Hartlepool United | - | Leyton Orient | 2:1 | ||||
| 34. Spieltag | 23.02.2013 | Leyton Orient | - | Crawley Town | 0:1 | ||||
| 35. Spieltag | 26.02.2013 | Sheffield United | - | Leyton Orient | 0:0 | ||||
| 38. Spieltag | 12.03.2013 | Leyton Orient | - | Portsmouth FC | 1:0 |  |
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| 39. Spieltag | 16.03.2013 | Leyton Orient | - | Carlisle United | 4:1 | |
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| 40. Spieltag | 23.03.2013 | Preston North End | - | Leyton Orient | 0:0 | ||||
| 41. Spieltag | 29.03.2013 | Scunthorpe United | - | Leyton Orient | 2:1 | ||||
| 42. Spieltag | 01.04.2013 | Leyton Orient | - | Bury FC | 2:0 | ||||
| 43. Spieltag | 06.04.2013 | Colchester United | - | Leyton Orient | 2:1 |
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