| 19. Spieltag | 10.02.2013 | FC Aarau | - | FC Vaduz | 1:0 | ||||
| 20. Spieltag | 18.02.2013 | FC Lugano | - | FC Aarau | 0:2 |  |
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| 21. Spieltag | 23.02.2013 | FC Chiasso | - | FC Aarau | 2:1 | ||||
| 22. Spieltag | 04.03.2013 | FC Aarau | - | FC Winterthur | 3:1 | ||||
| 23. Spieltag | 11.03.2013 | FC Aarau | - | AC Bellinzona | 0:1 | ||||
| 24. Spieltag | 16.03.2013 | FC Locarno | - | FC Aarau | 0:3 | ||||
| 25. Spieltag | 01.04.2013 | FC Wohlen | - | FC Aarau | 1:3 | ||||
| 26. Spieltag | 07.04.2013 | FC Aarau | - | FC Wil 1900 | 2:1 |  |
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| 28. Spieltag | 22.04.2013 | FC Aarau | - | FC Lugano | 3:2 | |
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| 30. Spieltag | 04.05.2013 | FC Vaduz | - | FC Aarau | 1:3 | |
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| 31. Spieltag | 09.05.2013 | FC Aarau | - | FC Biel/Bienne | 6:0 | |
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| 32. Spieltag | 13.05.2013 | FC Aarau | - | FC Locarno | 3:0 | ||||
| 33. Spieltag | 17.05.2013 | FC Wil 1900 | - | FC Aarau | 0:1 | ||||
| 34. Spieltag | 25.05.2013 | FC Aarau | - | FC Chiasso | 1:0 | |
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| 35. Spieltag | 30.05.2013 | AC Bellinzona | - | FC Aarau | 2:2 | ||||
| 36. Spieltag | 02.06.2013 | FC Aarau | - | FC Wohlen | 3:3 |
Schweiz