| 19. Spieltag | 17.02.2024 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | FC Viktoria 1889 Berlin [B-Junioren] | 1:2 | ||||
| 20. Spieltag | 25.02.2024 | Holstein Kiel [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 1:0 | ||||
| 21. Spieltag | 02.03.2024 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Hannover 96 [B-Junioren] | 0:0 |  |
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| 22. Spieltag | 09.03.2024 | Dynamo Dresden [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 4:0 | ||||
| 23. Spieltag | 06.04.2024 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Werder Bremen [B-Junioren] | 2:3 |  |
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| 24. Spieltag | 13.04.2024 | Blumenthaler SV [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 4:2 | |
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| 25. Spieltag | 20.04.2024 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Energie Cottbus [B-Junioren] | 0:7 | ||||
| 26. Spieltag | 27.04.2024 | Hamburger SV [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 3:1 |
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