| 20. Spieltag | 02.02.2013 | VfL Bochum II | - | Fortuna Köln | 0:1 | ||||
| 25. Spieltag | 23.02.2013 | Fortuna Köln | - | SSVg Velbert | 1:0 | ||||
| 26. Spieltag | 02.03.2013 | SC Verl | - | Fortuna Köln | 0:2 |  |
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| 27. Spieltag | 09.03.2013 | Fortuna Köln | - | 1. FC Köln II | 2:2 |  |
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| 24. Spieltag | 26.03.2013 | Rot-Weiss Essen | - | Fortuna Köln | 0:1 | |
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| 29. Spieltag | 30.03.2013 | Fortuna Düsseldorf II | - | Fortuna Köln | 2:0 | ||||
| 30. Spieltag | 06.04.2013 | Fortuna Köln | - | SV Bergisch Gladbach 09 | 3:1 | ||||
| 28. Spieltag | 09.04.2013 | Fortuna Köln | - | Rot-Weiß Oberhausen | 2:0 | |
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| 31. Spieltag | 13.04.2013 | VfB Hüls | - | Fortuna Köln | 0:2 | |
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| 23. Spieltag | 16.04.2013 | Fortuna Köln | - | Sportfreunde Siegen | 4:1 | |
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| 32. Spieltag | 20.04.2013 | Fortuna Köln | - | Bayer Leverkusen II | 0:2 |  |
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| 37. Spieltag | 19.05.2013 | MSV Duisburg II | - | Fortuna Köln | 0:4 | |
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| 38. Spieltag | 25.05.2013 | Fortuna Köln | - | Bor. Mönchengladbach II | 1:3 |
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