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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 16 | 9 | 6 | 1 | 14:6 | 8 | 33 |
| 2 |
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Eintracht Braunschweig | 16 | 10 | 3 | 3 | 11:4 | 7 | 33 |
| 3 |
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Energie Cottbus | 16 | 9 | 2 | 5 | 12:7 | 5 | 29 |
| 4 |
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Hertha BSC | 16 | 7 | 7 | 2 | 11:3 | 8 | 28 |
| 5 |
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1. FC Union Berlin | 16 | 7 | 5 | 4 | 11:7 | 4 | 26 |
| 6 |
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TSV 1860 München | 16 | 6 | 5 | 5 | 9:6 | 3 | 23 |
| 7 |
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Dynamo Dresden | 16 | 6 | 4 | 6 | 13:11 | 2 | 22 |
| 8 |
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VfR Aalen | 16 | 5 | 7 | 4 | 7:6 | 1 | 22 |
| 9 |
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Jahn Regensburg | 16 | 6 | 4 | 6 | 10:10 | 0 | 22 |
| 10 |
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FSV Frankfurt | 16 | 6 | 4 | 6 | 8:8 | 0 | 22 |
| 11 |
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SC Paderborn 07 | 16 | 4 | 9 | 3 | 7:6 | 1 | 21 |
| 12 |
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FC Ingolstadt 04 | 16 | 4 | 8 | 4 | 8:6 | 2 | 20 |
| 13 |
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1. FC Köln | 16 | 4 | 7 | 5 | 8:8 | 0 | 19 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 16 | 3 | 6 | 7 | 8:13 | -5 | 15 |
| 15 |
|
SV Sandhausen | 16 | 3 | 5 | 8 | 8:16 | -8 | 14 |
| 16 |
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FC St. Pauli | 16 | 2 | 7 | 7 | 4:10 | -6 | 13 |
| 17 |
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MSV Duisburg | 16 | 2 | 6 | 8 | 5:14 | -9 | 12 |
| 18 |
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VfL Bochum | 16 | 1 | 5 | 10 | 3:16 | -13 | 8 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
