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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Kaiserslautern | 9 | 5 | 4 | 0 | 6:1 | 5 | 19 |
| 2 |
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Hertha BSC | 9 | 5 | 3 | 1 | 6:1 | 5 | 18 |
| 3 |
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TSV 1860 München | 9 | 4 | 4 | 1 | 7:2 | 5 | 16 |
| 4 |
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Eintracht Braunschweig | 9 | 4 | 3 | 2 | 4:2 | 2 | 15 |
| 5 |
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Dynamo Dresden | 9 | 4 | 2 | 3 | 7:4 | 3 | 14 |
| 6 |
|
VfR Aalen | 9 | 4 | 2 | 3 | 6:5 | 1 | 14 |
| 7 |
|
SV Sandhausen | 9 | 3 | 5 | 1 | 5:5 | 0 | 14 |
| 8 |
|
FC Ingolstadt 04 | 9 | 3 | 4 | 2 | 6:3 | 3 | 13 |
| 9 |
|
FSV Frankfurt | 9 | 3 | 4 | 2 | 4:3 | 1 | 13 |
|
SC Paderborn 07 | 9 | 3 | 4 | 2 | 4:3 | 1 | 13 | |
| 11 |
|
Energie Cottbus | 9 | 4 | 1 | 4 | 5:5 | 0 | 13 |
| 12 |
|
1. FC Union Berlin | 9 | 3 | 3 | 3 | 5:5 | 0 | 12 |
| 13 |
|
Jahn Regensburg | 9 | 2 | 3 | 4 | 4:6 | -2 | 9 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 9 | 2 | 3 | 4 | 2:6 | -4 | 9 |
| 15 |
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1. FC Köln | 9 | 1 | 5 | 3 | 2:4 | -2 | 8 |
| 16 |
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MSV Duisburg | 9 | 1 | 2 | 6 | 2:8 | -6 | 5 |
| 17 |
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FC St. Pauli | 9 | 0 | 4 | 5 | 0:6 | -6 | 4 |
|
VfL Bochum | 9 | 0 | 4 | 5 | 0:6 | -6 | 4 | |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
