# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 14 8 3 3 11:6 5 27
2 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 14 6 6 2 10:5 5 24
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 14 6 5 3 10:6 4 23
4 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 14 6 4 4 11:8 3 22
5 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 14 6 3 5 11:10 1 21
6 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 14 5 5 4 5:6 -1 20
7 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 14 4 7 3 7:4 3 19
8 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 14 4 7 3 9:7 2 19
9 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 14 5 4 5 8:9 -1 19
10 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 14 3 9 2 5:4 1 18
11 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 14 5 3 6 10:10 0 18
12 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 14 4 6 4 6:6 0 18
13 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 14 4 5 5 8:10 -2 17
14 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 14 4 5 5 6:10 -4 17
15 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 14 2 10 2 4:4 0 16
16 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 14 4 4 6 8:11 -3 16
17 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 14 3 6 5 7:8 -1 15
18 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 14 3 5 6 7:9 -2 14
19 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 14 3 5 6 6:10 -4 14
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 14 1 6 7 3:9 -6 9
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.

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